Médecine scolaire et activité physique des élèves en France : ce que prévoient les textes, ce que disent les données

✍️ Par la Rédaction Magicfit · ⏱️ Lecture 23 min · 📅 Publié le 26 mars 2026

Enquête Magicfit · France · Médecine scolaire, EPS et activité physique des élèves · Ce que disent les textes et les données

La médecine scolaire est, avec la protection maternelle et infantile, l’un des rares dispositifs de santé qui concernent toute une génération d’enfants. Que prévoient les textes pour la santé des élèves et pour leur activité physique ? Quel rôle donnent-ils aux médecins et aux infirmiers de l’éducation nationale face à l’éducation physique et sportive, aux dispenses, au surpoids ou à la sédentarité ?

Que disent les données sur les moyens de ce service, sur les visites qu’il réalise, et sur la façon dont bougent les enfants et les adolescents en France ? Voici ce que disent le code de l’éducation, le code de la santé publique, la Cour des comptes, les agences sanitaires et les études.

1. Un service de santé pour toute une génération

La santé des élèves fait partie, selon la loi, des missions de l’éducation nationale. L’article L. 541-1 du code de l’éducation, dans sa version issue d’une loi du 27 juillet 2026, précise que l’ensemble des personnels de la communauté éducative participe à cette mission, assurée en priorité par les médecins, les infirmiers, les assistants de service social et les psychologues de l’éducation nationale, qui travaillent ensemble de manière coordonnée.

À ce titre, les élèves bénéficient, au cours de leur scolarité, d’actions de prévention et d’information, notamment sur les facteurs de risques cardio-neuro-vasculaires, et de visites médicales et de dépistage obligatoires, qui forment leur « parcours de santé dans le système scolaire ». Ils bénéficient aussi d’actions de promotion de la santé, organisées une fois par an dès l’école élémentaire. Ces actions doivent favoriser leur réussite scolaire et réduire les inégalités en matière de santé.

La Cour des comptes résume l’enjeu dans son rapport de 2020 : pour la politique de santé publique, la santé scolaire est, comme la protection maternelle et infantile, un dispositif crucial, parce que ses dépistages obligatoires concernent toute une génération, notamment à la sixième année des enfants scolarisés. Le service de santé scolaire est donc, sur le papier, un point de contact avec presque tous les enfants, quelle que soit leur famille.

2. Ce que recouvre la promotion de la santé à l’école

L’article L. 121-4-1 du code de l’éducation détaille le champ de cette mission.

Il comprend la mise en place d’un environnement scolaire favorable à la santé, des programmes d’éducation à la santé, la participation à la politique de prévention en faveur des enfants et des adolescents, la réalisation des examens médicaux et des bilans de santé, la détection précoce des problèmes de santé physique ou psychique pouvant entraver la scolarité, l’accueil, l’écoute et le suivi individualisé des élèves, et la participation à la veille épidémiologique.

Cette mission est conduite par les autorités académiques en lien avec les agences régionales de santé, les collectivités territoriales et l’assurance maladie. Elle peut s’appuyer sur des associations de prévention agréées, sur les communautés professionnelles territoriales de santé et sur des acteurs de proximité qui ne sont pas des professionnels de santé. Le texte invite aussi à sensibiliser l’environnement familial des élèves.

L’activité physique n’y est pas nommée en tant que telle, mais elle entre dans plusieurs de ces volets : un environnement scolaire favorable à la santé, l’éducation à la santé et la prévention. Le rapport de la Cour des comptes cite d’ailleurs, parmi les champs de coopération entre l’éducation nationale et la santé, « la promotion d’habitudes de vie favorables à la santé : alimentation (notamment la prévention des risques d’obésité), activité physique, rythmes de vie, sommeil ».

3. Les visites obligatoires

L’article L. 541-1 fixe deux rendez-vous. Une visite est organisée à l’école pour tous les enfants âgés de trois à quatre ans. Elle permet notamment un dépistage des troubles sensoriels, psycho-affectifs, staturo-pondéraux, c’est-à-dire de la taille et du poids, ou neuro-développementaux, en particulier du langage oral.

Elle est réalisée par les professionnels de la protection maternelle et infantile, et, à défaut, par ceux de l’éducation nationale. Au cours de la sixième année, une seconde visite permet en particulier un dépistage des troubles spécifiques du langage et des apprentissages.

Ces visites ne donnent lieu à aucune contribution financière des familles. Les parents sont tenus de présenter leur enfant sur convocation, sauf s’ils fournissent un certificat attestant que l’examen correspondant à son âge a été réalisé par un professionnel de santé de leur choix. Le code de la santé publique prévoit en effet, à son article L. 2132-2, que tous les enfants de moins de dix-huit ans bénéficient de mesures de prévention qui comportent des examens obligatoires.

Après ces visites, les médecins de l’éducation nationale travaillent avec l’équipe éducative, les professionnels de santé et les parents pour qu’une prise en charge et un suivi adaptés soient organisés. Ils collaborent aussi avec les centres et les maisons de santé, vers lesquels ils peuvent orienter les familles. Le rapport de la Cour des comptes fait aussi état d’un bilan infirmier lors de la douzième année.

4. Le contrôle médical de l’éducation physique

Le lien entre la médecine scolaire et l’activité physique est d’abord inscrit dans un article très court. L’article L. 541-4 du code de l’éducation dispose que « le contrôle médical des activités physiques et sportives scolaires est assuré » dans les conditions prévues pour les visites et les centres médico-sociaux scolaires.

L’article D. 312-1 précise que l’éducation physique et sportive s’adresse à l’ensemble des élèves et doit être adaptée à leur âge et à leurs possibilités individuelles, « déterminées par un contrôle médical ».

Un élève qui invoque une inaptitude physique doit la justifier par un certificat médical qui indique son caractère total ou partiel, selon l’article R. 312-2. En cas d’inaptitude partielle, ce certificat peut donner, dans le respect du secret médical, des indications utiles pour adapter la pratique. Sa durée de validité ne peut dépasser l’année scolaire en cours, et aucun certificat ne peut avoir d’effet rétroactif.

L’article R. 312-3 donne aux médecins de santé scolaire un rôle précis : ils peuvent, lors des examens prévus par la loi, délivrer des certificats d’inaptitude totale ou partielle à l’éducation physique et sportive, et ils sont destinataires des certificats délivrés par d’autres médecins lorsque l’inaptitude dépasse trois mois.

Aux examens, les élèves handicapés ou partiellement inaptes peuvent passer une épreuve aménagée, s’ils sont reconnus aptes à la passer par le médecin de santé scolaire. Le texte vise donc l’adaptation de la pratique plus que la dispense pure et simple.

5. L’éducation physique et sportive dans la loi

L’article L. 121-5 du code de l’éducation dispose que l’éducation physique et sportive et le sport scolaire et universitaire contribuent à la lutte contre l’échec scolaire, à l’éducation à la santé et à la citoyenneté, et à la réduction des inégalités sociales et culturelles. Le ministre chargé de l’éducation en définit les programmes, qui comportent l’enseignement de l’aisance aquatique, selon l’article L. 312-2.

L’article L. 312-3 précise qui enseigne : à l’école maternelle et élémentaire, les enseignants du premier degré, réunis en équipe pédagogique, qui peuvent être assistés, avec leur accord et sous leur responsabilité, par un personnel agréé ; dans le second degré, les professeurs d’éducation physique et sportive.

Pour être agréé, un intervenant extérieur doit notamment justifier de ses compétences pour l’activité concernée et ne pas avoir fait l’objet de certaines condamnations ; les éducateurs sportifs titulaires d’une carte professionnelle en cours de validité sont réputés agréés.

L’article L. 312-4 ajoute que l’organisation et les programmes de l’éducation physique et sportive tiennent compte des différentes formes de handicap, et qu’une formation spécifique aux formes de handicap et de pathologies chroniques est donnée aux enseignants et aux éducateurs sportifs. L’école est ainsi le lieu où tous les enfants, y compris ceux qui ont une maladie chronique, doivent pouvoir pratiquer.

6. Hors de l’école : le questionnaire de santé des mineurs

En dehors de l’école, la pratique en club relève du code du sport. Son article L. 231-2, dans sa version issue de la loi du 2 mars 2022, prévoit que, pour les mineurs, l’obtention ou le renouvellement d’une licence sportive est subordonné à l’attestation qu’un questionnaire relatif à l’état de santé a été rempli, conjointement par le mineur et par les personnes qui exercent l’autorité parentale.

Ce n’est que lorsqu’une réponse à ce questionnaire conduit à un examen médical qu’un certificat médical d’absence de contre-indication est exigé. Pour les adultes, la délivrance d’une licence peut être subordonnée à un certificat, selon des conditions fixées par chaque fédération.

La pratique sportive de l’enfant en club et son suivi médical à l’école relèvent donc de deux cadres distincts. Le médecin scolaire intervient sur l’éducation physique et sportive et sur les visites obligatoires ; le médecin traitant, ou tout médecin consulté, sur un éventuel certificat pour la pratique en club.

7. Prescrire une activité physique adaptée

Le code de la santé publique prévoit un autre outil : la prescription d’activité physique adaptée.

Son article L. 1172-1, dans sa version issue de la loi du 2 mars 2022, dispose que, dans le cadre du parcours de soins des personnes atteintes d’une affection de longue durée ou d’une maladie chronique, présentant des facteurs de risques, ou en perte d’autonomie, « le médecin intervenant dans la prise en charge peut prescrire une activité physique adaptée à la pathologie, aux capacités physiques et au risque médical du patient ».

L’article D. 1172-1-1 donne la liste des situations concernées. Parmi les facteurs de risque, il cite « notamment le surpoids, l’obésité, l’hypertension artérielle, la dénutrition, la sédentarité, les dyslipidémies, et les conduites addictives ». La prescription vaut pour trois à six mois, renouvelables, et s’appuie, lorsqu’ils existent, sur les référentiels de la Haute Autorité de santé. L’activité est ensuite dispensée par des personnes qualifiées dont la liste est fixée par décret.

Les articles lus ne mentionnent pas expressément les médecins de l’éducation nationale : ils parlent du médecin « intervenant dans la prise en charge » d’un patient, dans le cadre de son parcours de soins.

Nous n’avons lu aucun texte qui précise comment ce cadre s’articule avec les missions de la santé scolaire ; cet article n’en tire donc aucune conclusion. Ce que l’on peut dire, c’est que la sédentarité et le surpoids figurent parmi les facteurs de risque qui ouvrent droit à une prescription.

8. Des médecins scolaires de moins en moins nombreux

Les textes sont une chose, les moyens en sont une autre. Le rapport de la Cour des comptes, remis en 2020 à la commission des finances de l’Assemblée nationale, décrit un dispositif fort au total de plus de 20 000 équivalents temps plein, en comptant les médecins, les infirmiers, les assistants de service social et les psychologues de l’éducation nationale.

Les infirmiers en sont les professionnels de santé les plus nombreux, près de 8 000 équivalents temps plein ; le taux d’encadrement s’élevait à 1 300 élèves par personnel infirmier fin 2018.

Les médecins sont beaucoup moins nombreux : moins d’un millier d’équivalents temps plein. Selon la Cour, un tiers des postes de médecins de l’éducation nationale étaient vacants, et leur nombre avait chuté de 15 % depuis 2013. Le taux d’encadrement s’était dégradé de 20 % en cinq ans, pour atteindre en moyenne un médecin pour 12 572 élèves en 2018. Il avait chuté dans 75 départements, et de plus de 40 % dans 31 d’entre eux.

La Cour souligne que les difficultés de la santé scolaire ne tiennent pas à un manque de crédits : elle était dotée de 1 260 millions d’euros en 2019, et sa masse salariale avait crû de 12 % depuis 2013. Les effectifs d’infirmiers avaient augmenté de 40 % en vingt ans.

La pénurie de médecins tient d’abord, selon elle, à la démographie médicale d’ensemble ; mais les résultats décevants du service tiennent surtout, selon la Cour, aux failles de son organisation et à un défaut de pilotage.

9. Des visites très en deçà des objectifs

Ce manque de médecins se lit dans les visites. Entre les années scolaires 2013 et 2018, le taux de réalisation de la visite de la sixième année par les médecins scolaires est passé de 26 % à 18 %.

Moins d’un enfant sur cinq en bénéficiait, alors qu’elle est en principe universelle. Ce taux moyen cache de fortes disparités : sur les 99 départements pour lesquels un taux a pu être calculé, 34 étaient en dessous de 10 %, et 20 au-dessus de 30 %.

Le bilan infirmier de la douzième année avait progressé, mais n’était réalisé que pour 62 % de l’ensemble des élèves, et 78 % de ceux des établissements publics.

La Cour estime la charge annuelle moyenne à 83 bilans par personnel infirmier, 106 en comptant l’enseignement privé, contre 803 visites de la sixième année par médecin. Les visites médicales d’aptitude, obligatoires avant certains travaux pour les élèves mineurs de l’enseignement professionnel, n’étaient effectives que pour 80 % des lycéens concernés du public.

La Cour relève enfin que le ministère ne disposait plus d’une mesure fiable de l’activité de ces services, en raison d’une grève administrative des statistiques menée par certains personnels depuis plusieurs années. Pour établir son bilan des moyens et des missions, la Cour a donc adressé ses propres questionnaires à toutes les académies. Elle formule au total dix recommandations, dont la création de services de santé scolaire unifiés.

10. L’éducation à la santé, au second rang

La Cour consacre un passage à la mission d’éducation à la santé, qu’elle juge « reléguée au second rang ». Pour l’année scolaire 2017-2018, une enquête du ministère indiquait que 26 académies sur 30 avaient installé leur comité académique d’éducation à la santé et à la citoyenneté, et qu’au moins 75 directions départementales avaient fait de même ; la Cour en déduit que près de 60 % au moins des établissements s’étaient dotés d’un tel comité.

Elle relève que la qualité des actions est rarement évaluée, et que les personnels infirmiers y sont beaucoup plus engagés que les médecins, qui peinent à se rendre disponibles.

Une grande partie des actions passe par les agences régionales de santé, qui soutiennent des actions collectives de promotion de la santé et ont déclaré à la Cour y consacrer environ 17 millions d’euros par an. Parmi les programmes cités figure ICAPS, une intervention auprès des collégiens centrée sur l’activité physique et la sédentarité, labellisée par Santé publique France.

La convention conclue en 2019 entre le ministère et l’assurance maladie comportait, selon la Cour, une expérimentation de prévention de l’obésité de l’enfant, avec une prise en charge pluridisciplinaire des enfants de 3 à 8 ans dans le Nord, le Pas-de-Calais, la Seine-Saint-Denis et à La Réunion, et un volet de promotion de l’activité physique et de la santé du dos avec des masseurs-kinésithérapeutes.

La Cour cite aussi le service sanitaire des étudiants en santé, mis en place à la rentrée 2018 pour 47 000 étudiants. Parmi ses quatre thèmes prioritaires de 2018-2019 figurait l’activité physique, et 73 % des étudiants avaient été accueillis dans des établissements scolaires, pour un stage de six semaines. La Cour jugeait trop tôt pour en apprécier l’effet.

11. Les enfants bougent-ils assez ?

Les données nationales sur l’activité des enfants viennent surtout de l’étude Esteban, menée par Santé publique France. En 2015, 51 % des garçons et 33 % des filles de 6 à 17 ans atteignaient les recommandations de l’Organisation mondiale de la santé en matière d’activité physique. Les plus jeunes, de 6 à 10 ans, étaient plus actifs, et l’activité baissait nettement après 10 ans, surtout chez les filles. Aucune évolution significative n’avait été observée depuis 2006.

Le temps passé devant un écran, lui, avait considérablement augmenté. La part des jeunes qui passaient 3 heures ou plus par jour devant un écran atteignait 45 % chez les 6-10 ans, 70 % chez les 11-14 ans, et, chez les 15-17 ans, 71 % des filles et 87 % des garçons.

Une analyse mondiale publiée en 2020 dans The Lancet Child and Adolescent Health a regroupé 298 enquêtes menées en milieu scolaire dans 146 pays, auprès de 1,6 million d’élèves de 11 à 17 ans (Guthold et coll., 2020).

Dans le monde, 81,0 % d’entre eux étaient insuffisamment actifs en 2016. Pour la France, l’estimation atteignait 87,0 % : 82,4 % des garçons et 91,8 % des filles, contre 86,2 % en 2001. La définition retenue est celle de l’OMS : au moins 60 minutes d’activité modérée à soutenue chaque jour. Esteban et cette analyse ne reposent pas sur la même méthode : leurs chiffres se lisent côte à côte, ils ne se comparent pas au point près.

12. Sédentarité et corpulence

En 2020, l’Anses a évalué les risques liés à la sédentarité et à l’inactivité des jeunes, à partir des données de l’étude INCA3. Parmi les 11-17 ans, 66 % présentaient un risque sanitaire préoccupant, parce qu’ils cumulaient plus de 2 heures d’écran de loisir et moins de 60 minutes d’activité physique par jour.

Ils étaient 49 % à présenter un risque très élevé, avec plus de 4 heures 30 d’écran et moins de 20 minutes d’activité par jour pour l’un des deux seuils au moins ; parmi eux, 17 % cumulaient les deux. Chez les 11-14 ans, 15,5 % des filles et 24 % des garçons pratiquaient au moins 60 minutes d’activité par jour.

L’agence rappelle que des temps d’écran élevés sont le plus souvent associés à un risque de surpoids et d’obésité chez l’enfant, mais aussi à des troubles du comportement alimentaire et à une qualité du sommeil altérée. Elle recommande de considérer l’insuffisance d’activité physique comme un facteur de risque sanitaire à part entière.

Côté corpulence, l’étude Esteban estimait en 2015 que 17 % des enfants de 6 à 17 ans étaient en surpoids, obésité comprise, dont 4 % obèses, une part restée stable depuis 2006. Le surpoids diminuait quand le niveau de diplôme du parent de référence augmentait.

La minceur, elle, était passée de 8 % à 13 %, et atteignait 19 % chez les filles de 11 à 14 ans. Ces deux signaux, l’excès de poids et la maigreur, font partie de ce que vise le dépistage des troubles staturo-pondéraux prévu par la loi lors de la visite de trois-quatre ans.

13. Le bulletin de l’activité des jeunes en France

Des chercheurs français publient régulièrement un bulletin de notes de l’activité physique des enfants et des adolescents, selon une méthode internationale commune. L’édition 2022, publiée en 2023 dans le Journal of Physical Activity and Health, a noté dix indicateurs de A, la meilleure note, à F (Fillon et coll., 2023).

L’activité physique globale a reçu D-, la sédentarité D-, le jeu actif F, l’environnement et les équipements de proximité F. L’école a obtenu C-, la condition physique C, les déplacements actifs C et la pratique sportive organisée C. La note la plus élevée, B, est allée aux politiques publiques.

Les auteurs relèvent une progression pour 7 indicateurs sur 10 par rapport aux bulletins de 2016, 2018 et 2020, mais soulignent le besoin d’actions locales, régionales et nationales et de meilleurs systèmes de suivi. Le contraste est frappant : les politiques sont jugées plutôt favorables, mais la pratique réelle des jeunes reste faible.

14. Ce qui a marché dans des établissements scolaires

Le programme ICAPS, cité par la Cour des comptes, a fait l’objet d’un essai publié en 2008 dans l’International Journal of Obesity (Simon et coll., 2008). Commencé en 2002 dans huit collèges de l’Est de la France, tirés au sort, il a suivi pendant quatre ans 954 élèves de sixième âgés de 12 ans.

L’intervention cherchait à changer les attitudes par des débats et des activités attrayantes, et à apporter un soutien social et des changements de l’environnement favorables à l’activité.

Au bout de quatre ans, parmi les élèves qui n’étaient pas en surpoids au départ, 4,2 % l’étaient devenus dans les collèges du programme, contre 9,8 % dans les collèges témoins. Les élèves du programme pratiquaient davantage d’activité encadrée et passaient moins de temps devant la télévision. Chez les élèves déjà en surpoids au départ, l’effet observé à deux ans ne s’était pas maintenu.

Un autre essai mené en milieu scolaire, PRALIMAP-INÈS, a porté sur 985 adolescents en surpoids ou obèses, âgés de 15,3 ans en moyenne (Dosda et coll., 2026). Les adolescents des milieux les moins favorisés avaient 12,5 % de chances en plus d’une évolution favorable de leur poids et de leurs habitudes que ceux des milieux favorisés. Les auteurs y voient une réduction des inégalités sociales de santé.

15. Ce que montrent les synthèses internationales

Les programmes scolaires ne font pas tous la même différence. Une revue Cochrane publiée en 2021 a regroupé 89 études menées dans les écoles, portant sur 66 752 participants de 6 à 18 ans (Neil-Sztramko et coll., 2021). Les programmes d’activité physique à l’école n’augmentaient probablement que très peu, voire pas, le temps d’activité modérée à soutenue, de 0,73 minute par jour en moyenne.

Ils pourraient améliorer un peu la condition physique, avec un gain moyen de 1,19 millilitre d’oxygène par kilo et par minute sur la consommation maximale d’oxygène, et entraîner une très faible baisse de l’indice de masse corporelle, exprimé en écart à la norme pour l’âge, de 0,06 en moyenne. Les auteurs soulignent la variabilité des résultats et invitent les équipes scolaires et les acteurs de santé publique à bien réfléchir avant de mettre en place un programme.

Ces résultats ne disent pas que l’école ne sert à rien. Ils montrent que les effets mesurés sont, en moyenne, modestes, et qu’ils dépendent beaucoup de la façon dont un programme est conçu et conduit. Un essai réussi, comme ICAPS, ne permet pas de conclure pour tous les programmes, et une synthèse ne dit pas ce que vaut un programme précis.

16. Ce que recommandent les autorités de santé

Les lignes directrices de l’Organisation mondiale de la santé publiées en 2020 servent de référence (Bull et coll., 2020).

Elles recommandent aux enfants et aux adolescents de 5 à 17 ans au moins 60 minutes par jour en moyenne, sur la semaine, d’activité d’intensité modérée à soutenue, surtout d’endurance, et d’y inclure au moins 3 jours par semaine des activités soutenues et des activités qui renforcent les muscles et les os. Elles recommandent aussi de limiter le temps de sédentarité, en particulier le temps de loisir passé devant un écran.

En France, l’Anses insiste, dans sa publication de 2020, sur la nécessité de promouvoir l’activité physique dès l’adolescence, en particulier chez les 15-17 ans, chez les jeunes des milieux les moins favorisés et chez les adolescentes.

Elle préconise de rompre le plus souvent possible les temps assis, de remplacer une partie du temps d’écran par de l’activité, même de faible intensité, et de créer un environnement favorable à la maison, à l’école et dans l’espace public, par exemple avec des pistes cyclables.

Elle rappelle qu’au-delà du sport, se déplacer à pied, jouer dehors, porter une charge ou prendre les escaliers comptent aussi comme activité physique. Pour un enfant, l’activité se construit autant dans la cour de récréation et sur le trajet de l’école que dans les cours d’éducation physique.

17. Ce que l’on peut retenir

Premier constat : les textes donnent à la médecine scolaire un rôle large, qui va des visites obligatoires de trois-quatre ans et de six ans à la promotion de la santé, en passant par le contrôle médical de l’éducation physique et sportive. Le médecin scolaire peut constater une inaptitude, mais le droit vise d’abord l’adaptation de la pratique aux possibilités de chaque élève.

Deuxième constat : les moyens n’étaient pas à la hauteur de ces missions selon la Cour des comptes. Avec un médecin pour 12 572 élèves en 2018 et un tiers de postes vacants, moins d’un enfant sur cinq bénéficiait de la visite de sa sixième année. Or ce sont ces visites qui permettent les dépistages prévus par la loi.

Troisième constat : les enfants et surtout les adolescents bougent peu. Une fille de 6 à 17 ans sur trois atteignait les recommandations en 2015, et l’activité baisse nettement après 10 ans. Les deux tiers des 11-17 ans cumulent beaucoup d’écran et peu d’activité.

Quatrième constat : des programmes menés à l’école peuvent aider, surtout quand ils changent l’environnement et durent plusieurs années, mais les synthèses internationales montrent des effets moyens modestes. L’école n’y suffit pas seule ; la famille, les trajets, les clubs et les équipements de proximité comptent aussi.

Dernier constat : chaque parent peut agir à son échelle, en encourageant le jeu actif, les trajets à pied ou à vélo et une activité régulière, et en limitant les écrans de loisir. En cas de doute sur la santé ou le poids de son enfant, ou avant une reprise après une dispense, mieux vaut en parler au médecin qui le suit.

Sources

Cet article est une synthèse documentaire sur la santé et l’activité physique. Il ne donne aucun conseil médical et ne promet aucun résultat.

Tous nos calculateurs gratuits, par thème et avec une recherche : Magicfit Calculateurs